Le gouvernement civil de Sid’Ahmed Ould Bneijara constitué le 15 décembre 1980 est secoué par une tentative de putsch le 16 mars 1981 suivie de la rupture des relations diplomatiques avec le Maroc ; la démocratisation annoncée est suspendue, et Maaouyia Ould Taya devient premier ministre en mettant fin au gouvernement civil de Bneijara le 25 avril 1981. Début février 1982, c’est une nouvelle tentative avortée de coup d’état. Ce n’est qu’en 1983 que la Mauritanie passera une année complète sans tentative de renversement de régime et sans conflit majeur.

Ishac et le nouveau chef de l’état Mohamed Khouna Ould Haidalla se connaissent bien puisqu’ils faisaient partie du même petit groupe d’amis quand ils préparaient le baccalauréat en 1960 et 1961, et qu’ils ont pris tous deux au même moment la décision de poursuivre leurs études à Paris, dans des voies différentes. La nomination d’Ishac à la tête de la SMCPP, un poste important, au moment même de l’arrivée d’Haidalla à la tête de l’état, est probablement liée à une forme de confiance que ce dernier avait en lui.

Dans cette fonction, Ishac a également certainement participé à la création en février 1981 de la Société Mauritanienne des Industries de Raffinage (SOMIR) venue compléter le dispositif pétrolier en dotant la Mauritanie de capacités de raffinage. La SMCPP restait chargée de la commercialisation des produits raffinés par la SOMIR. La SOMIR va exploiter jusqu’en 1987 la nouvelle raffinerie construite à Nouadhibou. Son exploitation sera ensuite confiée à l’opérateur algérien Naftal, la SOMIR en assurant le contrôle. Ishac reste également administrateur de la SNIM. C’est dans ce cadre qu’il croise par hasard Ousmane Kane, déjà rencontré en 1975 alors qu’il préparait son bac C. De retour d’études en France à l’École Polytechnique et à l’École des Mines de Saint-Étienne, il est cantonné à la SNIM dans des activités peu valorisantes. Après moult tractations, Ousmane est détaché à la Société Arabe des Mines de l’Inchiri (SAMIN) en mai 1985. Ishac l’y retrouvera quelques années plus tard, en 1987.

Une étude sur les problèmes et choix énergétiques en Mauritanie, conduite par la Banque Mondiale et le Programme de développement des Nations Unies, est publiée en avril 1985. S’appuyant sur les données de 1983 elle prônait un renforcement institutionnel de la SMCPP, prise en étau entre la variation des prix CAF des produits et la nécessité de maintenir une stabilité dans les prix de commercialisation. Cette étude suggérait également un renforcement de l’exploration pétrolière qui se heurtait à la frilosité des « majors » devant les premiers résultats obtenus, plutôt décevants. Amoco, Esso, Shell, ont en effet effectué jusqu’en 1976 des prospections sismiques dans les eaux territoriales mauritaniennes, sans résultat. Mobil, Oxoco, Texaco et encore Amoco reprendront ces recherches au milieu des années 80, mais ne mettront pas non plus en évidence un potentiel intéressant.

Ishac, déjà confronté à la difficulté de faire aboutir les recherches pétrolières mauritaniennes au cours de son premier mandat ministériel, a certainement renforcé dans cette période ses convictions. Plus tard et dès qu’il en aura l’occasion, il cherchera des partenariats avec des acteurs moins importants pour relancer ces recherches même à petite échelle, et les faire déboucher sur une production nationale.

Le 24 janvier 1983, Moussa Fall lui succède à la tête de la SMCPP. Ishac rejoint son ministère d’origine, devenu depuis  ministère des Mines et de l’Énergie.